교수진 토토 커뮤니티: 존 그레이
聽
교수님
박사: 퍼듀대학교, 1992
포스트닥: 미주리 대학교 - 컬럼비아
B.Sc: University College Cork, 아일랜드
사무실:聽WO 3232
전화번호: 419.530.1537
이메일:John.Gray5@utoledo.edu
토토 커뮤니티 분야:세포 신호;유전학 및 유전체학;미생물학 및 면역학;식물과학.
현재 내 토토 커뮤니티 초점의 주요 초점은 모델작물 옥수수(제아 메이스또는 옥수수).聽특히, 우리는 복잡한 규제를 분석하는 데 관심이 있습니다. 모든 식물 종의 주요 생합성 경로인 페닐프로파노이드 경로. 옥수수 모델 시스템은 옥수수가 주요 경제 작물이기 때문에 중요할 뿐만 아니라 오하이오주와 미국뿐만 아니라 전 세계에서도 마찬가지입니다. 또한, 100개가 넘는 옥수수는 다음과 같은 발견을 통해 유전학의 모델 시스템 역할을 해왔습니다. 모든 진핵 생물 종에.聽聽
聽옥수수 THome 생성, 방출 및 사용.
지난 12년 동안 우리 토토 커뮤니티실은 흥미진진한 협력에 참여해 왔습니다. 국립과학재단 식물 게놈 토토 커뮤니티 프로젝트(NSF-PGRP)가 자금을 지원하는 프로젝트입니다.聽 모든 유기체 내부에는 전사 인자로 알려진 대규모 유전자 그룹이 있습니다. 다양한 대사 경로(예: 그림에 표시된 세포벽 생합성 경로).聽 이 복잡한 유전자 조절 결과 다양한 세포 유형과 환경에 대한 다양한 반응.聽
유전자 조절의 복잡성을 완전히 탐구하기 위해 나와 내 협력자들은 옥수수 전사의 물리적 수집물을 복제하기 위해 NSF PGRP의 자금 지원을 받았습니다. 요인(TF)과 공동 조절자(CR). 우리는 구성된 TFome을 생성하는 데 성공했습니다. 2,000개가 넘는 TF 및 CR 중 (Burdo et al., 2014 Plant Journal 80(2):356-66) 그리고 이 컬렉션은 다음을 통해 토토 커뮤니티 커뮤니티에 제공됩니다.ABRC.
재조합 준비 벡터에서 전체 길이 cDNA 클론으로서의 옥수수 TFome의 가치 이는 최초로 포괄적인 Yeast-one-hybrid(Y1H) 및 효모-2개 잡종(Y2H) 스크리닝은 옥수수에서 수행됩니다.聽 이 스크리닝은 다음을 허용합니다. 관심 있는 프로모터와 파트너 조절 단백질을 조절하는 TF의 발견. 54개 페닐프로파노이드 유전자 프로모터의 Y1H 스크린을 통해 1100개를 식별할 수 있었습니다. 568 TF를 포함하는 단백질-NA 상호작용. 현재 세부 조사를 진행 중입니다. 이러한 유전자의 돌연변이와 염색질 면역침전을 사용하여 이러한 상호작용의 특성 규명 옥수수 조직에 있는 이러한 TF 중. 우리 조사팀의 목표는 옥수수의 페닐프로파노이드 경로 및 더 나아가 기타 경로에 대한 포괄적인 GRN 시리얼 작물. 우리는 최근 TF 특정 항혈청 제품군을 개발했습니다. 상세 활성화생체 내이 새로운 PDI의 특성화.
聽聽전사 시작 사이트(TSS)의 글로벌 분석.
게놈과 RNA-Seq 토토 커뮤니티를 통해 많은 유전자 모델과 그들의 표현 패턴은 전사의 정확한 위치를 정확하게 예측하지 못합니다. 개시(TSS). 정확한 TSS 정보가 없으면 토토 커뮤니티자들은 강제로 유전자의 프로모터 영역을 추측합니다. 2015년에 우리는 글로벌 매핑 사용을 시범적으로 실시했습니다. CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)라는 이름의 옥수수에서 TSS를 결정하는 기술 기술.聽 CAGE를 사용하여 처음으로 수천 개의 TSS를 매핑할 수 있었습니다. 옥수수 반바지와 뿌리 Meija-Guerra외.,2015 식물세포. (12):3309-20.聽 현재 우리의 목표는 이러한 노력을 확장하여 옥수수의 여러 조직에 있는 TSS의 세계 지도를 토토 커뮤니티에 활용합니다. 커뮤니티.
聽곡류의 Regulomics 커뮤니티를 위한 리소스로서의 GRASSIUS 지식 베이스
GRASSIUS 데이터베이스는 Grass Regulomics의 중앙 데이터베이스로 구축되었습니다.聽 다음에서 액세스할 수 있습니다.https://www.grassius.org. 현재 GRASS 전사 인자 데이터베이스, 공동 조절자 데이터베이스의 본거지입니다. 5종의 풀/곡물 종에 대한 프로모터 데이터베이스. 또한 모두가 볼 수 있는 웹사이트이기도 합니다. 옥수수 TFome에 관한 정보에 접근할 수 있습니다.聽 현재 계획은 업데이트 예정입니다. 옥수수 참조 게놈 버전 4의 정보를 제공하고 저장하는 웹사이트 새로운 TSS 글로벌 지도 데이터입니다.
옥수수 조절체학 토토 커뮤니티에 대한 학부 참여
이 프로젝트에는 학생들이 참여하는 학부 토토 커뮤니티 구성 요소도 있습니다. BIOL 3020 Molecular Genetics Laboratory에 등록했습니다.聽 학생들은 최신 Gateway庐를 사용합니다. PCR 증폭된 옥수수 TF의 오픈 리딩 프레임을 옥수수 속으로 복제하는 클로닝 기술 pENTR/D-TOPO 벡터.聽 DNASTAR Lasergene의 도움으로 클론에 주석을 달았습니다. 소프트웨어를 사용하고 각 클론에 대한 개별화된 실험실 보고서를 작성합니다.聽 학생 선택 내 토토 커뮤니티실에서 학부 우등 프로젝트로 이 작업을 계속할 수 있는 기회가 있습니다.聽 이러한 노력의 목표는 토토 커뮤니티와 교육의 통합(F.I.R.E.)을 촉진하는 것입니다.聽
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공동토토 커뮤니티팀
현대 토토 커뮤니티에는 종종 다양한 기관의 토토 커뮤니티원 팀이 참여합니다. 보완적인 기술과 자원. 위에서 설명한 옥수수 레귤로믹스 프로젝트는 다음과 같습니다. Michigan State University의 Erich Grotewold 및 Andrea Doseff와의 공동 프로젝트, 미네소타 대학의 Nathan Springer와 대학의 Natalia DeLeon 위스콘신-매디슨 출신. 이 토토 커뮤니티는 현재 국립과학재단(National Science Foundation)의 자금 지원을 받고 있습니다. (NSF) 2022년까지 PGRP.聽
聽기타 관심사
식물 소기관으로의 단백질 전위:
저는 Steffen Reinbothe 박사(그르노블의 Joseph-Fourier University)와 협력했습니다. 프랑스) 식물 엽록체로의 단백질 전위 토토 커뮤니티에 참여 그리고 세포 소기관. 나의 기여는 계통발생적 관계를 분석하는 것이었습니다. 단백질 수송 단백질 중에서 새로운 기능 도메인을 식별하고 서열 비교 및 구조 모델링을 통한 구조.
세포 사멸과聽병변 모방 돌연변이:
나는 또한 질병 병변이라는 이름의 옥수수와 애기장대에서 일련의 돌연변이를 토토 커뮤니티했습니다. 모방 돌연변이. 이러한 돌연변이는 잎이 없을 때 잎에 질병과 유사한 증상을 유발합니다. 병원체의. 현재 이들의 작용 메커니즘에 대해서는 알려진 바가 많지 않다. 유전자는 식물이 어떻게 유지되는지 토토 커뮤니티할 수 있는 독특한 기회를 제공하는 것으로 보입니다. 세포의 완전성을 조절합니다. 그러한 유전자에 대한 토토 커뮤니티는 개선된 전략으로 이어져야 합니다 개선된 작물 품종 개발에 힘쓰고 있습니다.
생물정보학:
대량의 DNA 서열 데이터에 접근하고 분석하기 위해 컴퓨터를 사용하는 것은 현대 분자 생물학자들에게 중요한 도구입니다.聽 저는 데이터베이스 검색 도구를 사용합니다. 계통발생수를 구성하기 위한 서열 정렬 프로그램 및 계통발생수 소프트웨어 종 간의 유전자 관계와 진화를 드러내는 나무입니다. 최근에는 우리는 RNA-Seq 데이터 세트를 분석하고 옥수수와 수수에서 신테니 매핑을 수행했습니다. 나는 이 접근법을 주로 식물 유전자에 사용하지만, 이 접근법의 보편성은 이러한 접근 방식을 통해 나는 토토 커뮤니티를 하고 있는 다른 부서의 토토 커뮤니티원들과 교류할 수 있었습니다. 인간과 선충 유전자.聽내 토토 커뮤니티실의 모든 대학원생은 자격증을 취득해야 합니다. The Bioinformatics Proteomics and Genomics 프로그램을 통해 생물정보학 박사 톨레도 대학교(참조BPG 인증서에 대한 웹링크).
토토 커뮤니티실 위치
PI의 토토 커뮤니티실은 Wolfe Hall에 위치해 있으며 Bowman-Oddy에 2,300만 달러를 추가했습니다. 톨레도 대학의 생명 과학 건물. 현대적인 시설을 갖추고 있을 뿐만 아니라 잘 갖춰진 분자생물학 실험실은 PI가 식물 과학에 대한 모든 접근권을 가지고 있습니다. 울프홀 4층에 위치한 토토 커뮤니티센터(PSRC). PSRC에는 현대적인 온실이 있습니다. 토토 커뮤니티를 용이하게 해주는 식물생장실 및 식물조직배양 장비 일년 내내 식물의. 북서 오하이오 OARDC 토토 커뮤니티의 도움을 통해 톨레도에서 남쪽으로 35마일 떨어진 농장에 여름 옥수수 유전학 묘목장을 이용할 수 있습니다. 매년 여름.